Le comité de négociation, dont les trois ou quatre membres sont élus par le conseil général et choisis parmi les membres syndiqués au moment de la préparation de la négociation, a pour mandat de préparer le cahier de revendications et de négocier la convention en respectant les mandats du conseil général. Il doit assurer l'information régulière des membres et préparer la consultation des assemblées générales sur tout ce qui concerne la négociation.

Le comité d'information, de formation et d'application de la convention collective (CIFAC) réunit les déléguée et délégués syndicaux de chaque syndicat pour coordonner l'application et l'interprétation de la convention, former les déléguées et délégués syndicaux et faire toute recommandation au conseil général sur l'application de la convention.

Le comité aviseur sur la condition des femmes, composé de trois membres élues par le conseil général, a pour mandat de faire toutes recommandations au conseil général sur la condition des femmes.

Le comité de la relève syndicale. Ce comité, créé en 2003, a pour mandat de faire des recommandations au congrès et au conseil général de la Fédération de même qu'aux syndicats affiliés, sur les pratiques visant à assurer la relève syndicale en cette période de renouvellement massif du corps enseignant. Composé d'un membre du bureau exécutif et d'une ou d'un représentant par syndicat, le comité se veut à la fois le porte-parole des nouvelles et nouveaux enseignants auprès des instances fédérales et locales et leur agent d'intégration et de formation syndicale.

Le comité de la formation continue, composé d'une ou un représentant par syndicat, issu de ce secteur, doit faire des recommandations au conseil général sur les conditions de travail dans ce secteur, sur les moyens à prendre pour les améliorer, sur le développement syndical dans ce secteur et sur les orientations générales concernant la formation continue

Le comité de vigilance. Comme son nom l'indique, ce comité exerce une vigilance sur les politiques gouvernementales en matière d'éducation et sur les décisions prises par d'autres autorités en matière d'enseignement collégial. Il fait des recommandations aux instances en ces matières. Il est composé de deux représentants par syndicat et d'un membre du bureau exécutif.

Le conseil général peut aussi créer des comités ad hoc pour analyser et faire des recommandations sur des dossiers ponctuels.